木幡真琴（篠田南 配音）是一名见习魔女，同时亦是一名十五岁的高中一年级女生。魔女界有一个约定俗成的规矩，那就是在十五岁成人礼之后，魔女们便要走上社会开始独自生活，进行魔女的修行。如此，真琴孤身一人来到了青森县，居住在堂兄仓本圭（菅原慎介 配音）家中，转入了这里的高中，开始了崭新的生活。 　　在这里，真琴结识了许多善良的朋友们，天真可爱对魔女稍稍有些害怕的仓木千夏（铃木绘里 配音）、家中经营着酒铺...

　　日本各地出现了异空间「魔都」──　　由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力，　　因此便由女兵组成了「魔防队」。　　某一天，　　过着抑郁生活的男高中生──和仓优希　　不小心闯进了突发性产生的魔都入口，　　在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香，　　而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」...

这是一个魔法少女的存在获得了认可的世界。一款名为《魔法少女育成计划》的游戏能够万里挑一制造出真正的魔法少女，而等待着这些幸运女孩们的，将会是万人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，运营方忽然宣布要将魔法少女的数量削减一半，而方法，竟然是让现存的魔法少女进行残酷的竞赛。　　天真善良的少女白雪（东山奈央 配音）、外冷内热的忍者波纹（沼仓爱美 配音）、背负着巨剑的圣少女（佐仓绫音 配音）、骑着扫帚大大咧咧...

故事发生在名为恩典农场的孤儿院内，在这里生活着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行学习和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼（内田真礼 配音）的男孩。负责管理和看护这些孩子们的女性名叫伊莎贝拉（甲斐田裕子 配音），孩子们喜欢喊她“妈妈”。每过一段时间，都会有一个孩子被收养离开农场，生活在这里的孩子们都将此作为自己的人生目标...