一个关系不睦却强大无比的忍者家庭在退休多年后，为了反击一连串日益逼近的威胁，开始重操旧业执行起地下任务。...

故事发生在冈山县仓敷市，高中女孩森川心音（高畑充希 配音）与父亲桃太郎（江口洋介 配音）相依为命。心音最为擅长的就是睡觉，无论身处何方，只要她想似乎就随时可以进入梦乡。不过最近一段时间睡觉让心音有点儿闹心，因为反反复复她总是做同一个梦。而父亲似乎只对改造汽车感兴趣，对女儿的烦恼全然没有半点察觉。2020年，就在东京奥运会召开前三天，桃太郎突然被警察逮捕。心音坚信父亲绝对清白，于是她找到童年时的好友...

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。...