这是人类的体内。　　许许多多的细胞勤奋工作的世界。　　某日白细胞(中性粒细胞)与红细胞，遇见了收留迷路乳酸菌的一般细胞。为了将乳酸菌护送至同伴身边，白细胞(中性粒细胞)与一般细胞向肠道出发。　　然而他们却与来者不善的最强敌人重逢。　　「我和你们到底谁才是正义的一方，趁这次弄个清楚吧」　　再次现身的癌细胞。以及遭到坏菌破坏的肠内环境。　　体内遭遇前所未有的大危机！？　　「束手就擒吧 癌细胞！」　...

故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战。...