蓝猫淘气3000问太空历险记故事讲述传说中宇宙最深处的“奥茨玛”是一个完美的星球，在中国第一位太空人杨利伟事迹的感召下，正在探险队做勤杂工的蓝猫立志要成为世界上最伟大的太空探险家，他找来了飞行驾驶员淘气、厨师巴豆、魔术师菲菲等好朋友，着手准备筹建一支自己的探险队。 某一天，一艘太空飞船却奇特般落在地球上，飞船内有一个昏迷的外星女孩和一个外表温顺的小宠物，神色紧张的小宠物在唤不醒主人的情形下飞出了飞...

20世纪末，15岁的少年榊原恒一（阿部敦 配音）由于父亲前往海外公干的原因，于是来到亡母的家乡夜见山市，暂住阿姨三神怜子（宮牧美沙代 配音）家中等待转入新的学校。在此期间，他的旧病复发，入院治疗，某晚，恒一在空荡荡的走廊内邂逅一名穿着水手服、左眼戴着眼罩但阴气逼人的美少女，这似乎预示着一段不平凡生活的开始。病愈出院，恒一顺利转入夜见山北中学3年3班，同学们热情亲和，可是似乎对他隐藏着什么秘密，而且...