故事舞台设定在有严格等级制度，学生分为学生会长，学生会成员和亲卫队选民，以及平民三个等级的岚之丘学园，神秘转校生清水小百合却破坏了规矩，她不服从学生会，我行我素，与学生会发生冲突。...

　　重宗是黑社会头目，在外声称帮建筑业老板扶助事业，却是从事非法行业。他专门欺负善良百姓，建筑业老板看中的地，重宗就负责逼人搬离家园，因而埋下杀机。一天，重宗夜里被枪杀，重宗妻到警局协助调查，才知帮派间许多内情待解.......

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。　　...