第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹...

在一个平静的夜晚，一辆飞驰而来的汽车，撞碎了音乐教授约翰（威廉·麦鲍瑟 William Mapother 饰）的幸福生活，他的妻女以及美好的人生都被尚未成年的少女罗娜（布里特·马灵 Brit Marling 饰）夺去。这起事故，也让罗娜的心灵蒙受巨大打击。罪恶感让她过着最底层的生活，却始终逃脱不掉灵魂的谴责。偶然机会，她重逢约翰，并以清洁人员的名义走进约翰潦倒无望的生活。在一段时间相处过后，他们渐...