故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。　　然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉...

大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。　　现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。　　没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，　　平行存在于现实世界中的横浜。　　幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。　　阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。　　把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标...

1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。　　2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。...

我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。　　而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他...

超人佳亞從「根源破壞招致物體」手上拯救了地球之後，高山我夢（超人佳亞）重回到城南大學的校園，過著平靜的每一日。他現在擁有的變身器Esplander也已經失去了超人的光茫。 　　一方面地球又開始受某些東西的侵略了……。我夢再次被特種迎戰保衛隊XIG召集。終於，根源破壞海神Gakuzomu、根源破壞飛行魚Rozan出現了。究竟失去了超人的光茫的高山我夢和藤宮博也能否取回超人的光茫？而地球的命運又會如...